过去这几年的时间里，大将军府军事上的创建，除了建立起以四军为中央军雏形、边防各划军区、军府作为兵役补充的军队阶梯构架之外，另外最重要的一项，便是对以荆州为代表的强藩边镇的调整。
荆州方面最核心便是对整个荆州的拆解，庾怿仍领荆州刺史，但只坐镇江陵，纪睦入为南蛮校尉，原竟陵太守李阳加益州刺史，襄阳太守桓宣加梁州刺史，另有荆州勇将陈郡邓遐升为湘州刺史。
将原本整合为一的荆州军权拆分成几个部分，其中南蛮校尉与益州刺史两部，主要负责对巴蜀成汉的攻略。而梁州刺史部则仍归镇襄阳，同时南阳也归入襄阳辖制，由此布置西进武关，谋攻上洛，以配合对关中形成整体围困之势。
洛阳行台对于荆州军政事务并没有侵入太多，但通过分化拆解，使得整个荆州不再成为一个整体，同时将荆州军中非常重要的桓宣所部北调置于河洛南面，这也是正式将荆州军纳入行台王师体系的重要举措。
另外在军事上，行台还有一桩举措改变，那就是凡军用在即，督将、镇将必加参谋军务临时前缀。参军乃是大将军府下职事，换言之凡兵事有动，这些前线将帅们俱以府职而受大将军号令。如此一来，沈大将军都督中外诸军事的职权才总算在制度上得以确立起来。
这种种举措，算是在制度上打破了往年一直困扰江东时局的死循环，那就是荆扬之争、上下相制。而打破这一逻辑的立足点，就在于河洛之地的收复和经营。
行台霸府已经完全不必再受限于大江上下游的地理限制，若荆州果然有异动，大可自河洛兴兵，配合江夏沈云所部，直接叩开襄阳，进而直取荆州腹心！
在对待梁州刺史桓宣上，沈哲子也是恩威并施。首先是再彰显其人整治襄阳并攻略汉中的旧事，加其人使持节、平北将军，都督雍、梁、江夏、义阳、南阳等诸军事，另举其子桓戎为南阳太守接替沈云，另一子桓聪征为大将军府从事中郎。
谯国桓氏，如今得以世称者分为两支，一者便是谯国龙亢桓彝这一支，但因桓温事迹使得家道中落，如今尚在时任者仅仅只剩下桓豁一人而已。
另一支便是谯国銍县一支，这一支主要还是以武功为主，在江表建康核心反而乏甚经营，代表人物便是桓宣，还有另一位则是桓景。桓宣久从边事，桓景倒是在台曾任散骑，后来在褚翜执政期间担任过丹阳尹。
眼下谯国桓氏，单以势位论，銍县这一支已经超过龙亢一支，成为桓氏郡望代表。桓宣乃是西路王师目下最显贵者，能分颜色者唯荆州旧将、早年陶侃心腹的李阳而已。至于桓景，眼下则为行台殿中尚书，兼为大将军府主簿。
当然，对于桓宣，沈哲子也并不只是一味示恩，在给予桓宣都督两州军事职权之外，又将毛宝任命为雍州刺史，主要负责征募雍、凉等籍流人，集练新军。毛宝虽然名义上暂归桓宣统率，但很明显是作为桓宣的副手备选，这也是行台为数不多、直接插手分权的举措。
襄阳本身便是联通东西南北枢纽要隘，也是行台加强多西南区域掌控力的关键所在。因此沈哲子难免要对桓宣施加以更多关注，种种手段施加之下，不能说是已经将桓宣把控于指掌之内，但也的确积累起了很强的羁縻之力。
过去这三年的时间里，王事多有停顿，类似中原大捷和河北大胜这种大规模的战事几乎没有发生，行台最主要的工作就是在梳理调整内部关系，同时积蓄实力、发展已经收复的疆土。尤其是在休养生息方面，虽然不敢说已经恢复中朝尤其是太康旧态，但也可以说是卓有成效。
静极思动，在今年年初的时候，下一步的军事计划便已经被沈哲子提上了议程。
其实过往这几年，各项军事行动也一直在进行着，最主要还是荆州方面攻略成汉。原本的历史上，桓温攻灭成汉可谓不费吹灰之力，但其后益、梁二州却陷入了长久的反复叛降中，并没有实质性的增加晋祚国力。
如今的成汉虽然也是内乱频生，但还没有陷入完全的衰弱。不过就算是这样，川蜀平原之外的汉中地区，晋军也是一直在保持着平稳的推进，李氏在汉中的区域基本上已经被扫除出去，剩下的多为巴氐流人并羌胡残众仍在负隅顽抗。
至于中原方面的进攻选择，眼下也有两个方向，一者西向关中，一者继续北进讨伐石赵。
沈哲子权衡诸多，最终决定将关中作为下一步的主攻方向。其实早在河洛入手的时候，这一战略便已经确定下来，但因当时北方不确定性因素太多，是否真就如此推进还留有余地。
现在鲜卑慕容加强了对石赵的牵制，而另外一部鲜卑拓跋氏，在经过几轮内斗之后，拓跋什翼健正式建立了代国政权，虽然仍然向石虎称臣，但其独立性也越来越彰显，令得石虎精力大半被牵绊在北，无暇南顾，这也给了洛阳行台更大的战略选择空间。